Réforme de la facture électronique, mode d’emploi

La réforme de la facturation électronique (e-invoicing) et de la transmission des données de ventes à l’administration (e-reporting) entre désormais dans sa phase de mise en œuvre.

À l’approche de l’échéance, plateformes agréées, administration fiscale, experts-comptables et quelque huit millions d’entreprises françaises concernées s’organisent main dans la main. Mais chaque secteur présente ses spécificités.

Les acteurs du secteur se mobilisent pour la mise en œuvre

Digipharmacie, plateforme agréée, a organisé mardi 30 septembre, une table-ronde pour aider ses pharmacies adhérentes à se préparer à cette révolution numérique. Damien Charrier, président du Conseil national de l’ordre des experts-comptables, a rappelé aux pharmaciens l’importance d’anticiper dès maintenant les impacts concrets de la réforme, déclarant : « La mise en œuvre de la facture électronique est prévue dans moins d’un an. Il est donc urgent de s’emparer du sujet et de se rapprocher de son expert-comptable pour définir une stratégie adaptée aux deux échéances de 2026 et 2027, et la déployer sans tarder. » Et Sébastien Rabineau, directeur du projet Facturation électronique au sein de la Direction générale des Finances publiques (DGFiP), d’ajouter : « Nous encourageons même les plus petites entreprises à anticiper en démarrant les réceptions le plus tôt possible afin d’éviter les engorgements et tensions liés à la mise en conformité obligatoire. »

Concilier réglementation et réalité du terrain

Pour les pharmacies, la réussite du passage au tout électronique suppose d’articuler contraintes réglementaires et outils logiciels déjà en place. Car la facture électronique ne se résume pas à un simple changement de format : elle modifie en profondeur l’organisation administrative et comptable d’une officine.

Il faudra choisir une plateforme de réception agréée (PA) par l’État, « boîte aux lettres » numérique, par laquelle transiteront les factures fournisseurs, identifiées grâce à l’annuaire national des entreprises. « Une plateforme ne peut pas vous retenir, vous disposez du choix d’en changer à tout moment avec récupération des données grâce à des formats standardisés. En revanche, la loi n’interdit pas un engagement commercial », a rappelé Sébastien Rabineau.

Les ventes de l’officine à des clients particuliers devront également être transmises automatiquement à l’administration via le logiciel de caisse : c’est le principe de l’e-reporting. L’objectif principal de la réforme étant la lutte contre la fraude à la TVA, les actes médicaux exonérés (article 261-4 du CGI) n’entrent pas dans le champ de l’obligation. La réforme de la facture électronique n’impacte  pas le processus de règlements effectués par l’Assurance maladie et les mutuelles.

Le calendrier officinal

Le 1^er septembre 2026, toutes les pharmacies devront être en mesure de recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs via une plateforme agréée par l’État, à sélectionner en amont.

Le 1^er septembre 2027 : les pharmacies devront assurer la transmission des données de vente à l’administration (e-reporting), toujours par l’intermédiaire de la plateforme choisie.

La check-list de l’officine

• Étape 1 : Mise à jour du logiciel de gestion pour intégrer le module « facturation électronique ».
• Étape 2 :  Sélection d’une plateforme agréée (PA) par l’administration fiscale, qui centralisera la réception et l’émission des factures.
• Étape 3 :  Organisation de la formation interne : environ deux heures par personne, complétées par un mode d’emploi affiché à proximité du comptoir et un mémo accessible aux salariés.
• Étape 4 : Phase de test du système en conditions réelles avant l’entrée en vigueur de la réforme.